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其中一些卑微的微生物助手在人类成为人类之前就已经存在于我们的肠道中，某些肠道微生物几乎在所有灵长类动物中都能找到，这表明它们首先在一个共同的祖先中定居。但是人类也失去了许多在其他灵长类动物中发现的这些助手，而且随着世界各地的人们不断涌入城市，可能会失去更多，一位研究人员上周在华盛顿特区的一个微生物学会议上报告说，这些缺席的肠道微生物可能会影响人类的健康。
微生物组包括所有的细菌、真菌、病毒和其他居住在个体上的微观生命，无论是人、植物还是刨花。对于人类和许多其他物种来说，特征最明显的微生物组以肠道中的细菌为中心。微生物学家对这些肠道微生物的研究越多，他们就越能将这些细菌与宿主的功能联系起来。例如，在人类中，肠道细菌影响免疫系统对病原体和过敏原的反应，或与大脑互动，影响情绪。
研究人员之前的工作显示，人类的肠道微生物与其他灵长类动物的微生物非常相似，这表明它们的肠道存在早于人类的进化。但后续研究也表明，从一般意义上讲，人类的肠道微生物组已经变得不如我们目前的灵长类动物表亲的肠道微生物那么多样化。一项研究发现，野生猿猴的肠道中有85个微生物属，如细菌和双歧杆菌，但在美国城市的人中只有55个，世界上欠发达地区的人有60到65个这些细菌群，这一观察将微生物多样性的减少与城市化联系起来。
随着人类从过去的狩猎采集者进入城市，饮食发生了变化，抗生素的使用，更多的生活压力，以及更好的卫生条件，都可能是导致人类肠道微生物损失的原因。一些著名的研究人员认为，这种较低的多样性可能导致哮喘和其他炎症性疾病的增加。
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