Bejaoui博士说："我们发现的多种和共享抗性基因表明艰难梭菌是一个抗菌素抗性基因库，可以在动物和人类之间交换。这一令人震惊的发现表明，对抗生素的耐药性可以比以前想象的更广泛地传播，并证实了从农场动物到人类的耐药性链中的各个环节。"
艰难梭菌是一种感染人类肠道的细菌，除了三种当前的抗生素外，对所有的抗生素都有抗性。一些菌株含有允许它们产生毒素的基因，可以在肠道中引起破坏性的炎症，导致威胁生命的腹泻，主要发生在老年人和接受过抗生素治疗的住院病人身上。
艰难梭菌被认为是美国最大的抗生素耐药性威胁之一，仅2017年估计造成223900例感染和12800例死亡，医疗成本超过10亿美元。
艰难梭菌的一种高致病性菌株（核糖型078；RT078）可引起更严重的疾病，其主要序列类型11（ST11），与社区中年轻和健康人的感染数量上升有关。农场动物最近被确定为RT078的载体。在这项研究中，丹麦科学家通过与丹麦医院患者的临床分离物进行比较，调查了艰难梭菌菌株在牲畜（猪）中的流行情况以及抗菌素耐药基因在人畜共患中传播的可能性。
在2020年和2021年之间，从丹麦各地的农场分两批收集了514头猪的粪便样本。A批包括来自14个农场的330份母猪、仔猪和屠宰猪的样本，在2020年。B批中的184个样品是在2021年的屠宰过程中收集的。研究人员对样本进行了艰难梭菌的筛查，并使用基因测序来确定它们是否携带毒素和耐药基因。基因组测序还被用来比较猪样本中的艰难梭菌分离物和同期从艰难梭菌感染患者身上收集的934个分离物。
在514份猪的样本中，有54份有艰难梭菌的证据（A批=44，B批=9）。对40个样本（A批=33，B批=7）的进一步分析发现，艰难梭菌在仔猪和母猪中比屠宰猪更常见。作者推测，这可能是由于仔猪和成年猪之间的年龄差异--年轻的猪的微生物群组成使它们更容易成功定植。
总的来说，在动物身上发现的13个序列类型与在病人的粪便样本中发现的序列类型相匹配。ST11，一种动物相关的菌株，是最常见的（猪=21，人=270）。在16个案例中，人类和动物中的ST11菌株是相同的。所有来自动物的分离物的毒素基因都是阳性的，其中10个还具有超强的传染性，具有更强的致病能力。
总的来说，来自动物的38个分离物至少含有一个抗性基因--而且总的来说，预测对七类抗生素有抗性，其中最常见的是大环内酯类、ß-内酰胺类、氨基糖苷类和万古霉素--这些都是治疗严重细菌感染的重要药物。
Bejaoui博士说："抗生素在人类医学中的过度使用以及作为农场的廉价生产工具正在破坏我们治疗细菌感染的能力。特别值得关注的是赋予氨基糖苷类药物抗性的大量基因库，艰难梭菌对这一类抗生素具有内在的抗性--它们在这个物种中不需要产生抗性。因此，艰难梭菌在向其他易感物种传播这些基因方面发挥了作用。这项研究提供了更多的证据，证明在畜牧业中使用抗菌素所带来的进化压力，它选择了具有危险性的人类病原体。这强调了采用更全面的方法来管理艰难梭菌感染的重要性，以便考虑所有可能的传播途径"。
尽管有这些重要的发现，但作者指出了几个局限性，包括他们无法确定传播的方向。正如Bejaoui博士所解释的，"人类和动物分离物中的一些菌株是相同的，这表明它们可能是群体之间共享的，但在我们进行更深入的系统发育分析之前，我们无法确定传播的方向，这也可能是双向的，细菌在社区和农场中不断交换和扩大"。