由于这些特殊的要求，这些观测的飞行计划和协调需要格外小心、讨论和特别准备。
观测金星的计划和准备工作在飞行前两个多月就开始了。飞行人员接受了望远镜工程师的专门培训，了解在太阳下山前飞行的确切方向，以确保安全。他们仔细计划了应急措施和转弯，以确保望远镜和飞机的安全。
这些日落前观测的另一个挑战是为飞行计划中的每个事件计时。太阳落山的确切时间因海拔高度而异。
此外，天气和气压可以改变大气层的密度，这反过来又会影响大气层的折射特性。折射是指介质对光线的弯曲。大气层压力的变化，因此它对太阳光的折射能力，是观测站的一个潜在的安全问题。SOFIA的飞行计划者设计并安排了金星观测的详细路线，以确保SOFIA没有意外观测到太阳的风险。尽管如此，飞行中的每个人都小心翼翼地监视着天空，以看到绿色的闪光，这种现象表明太阳已经落在地平线上。一旦太阳落下，飞行员就将飞机转向，以便SOFIA能够观测到金星。
SOFIA在日落前的晚上，首先打开了上层的刚性门，以便SOFIA可以观察木星，为金星的仪器和望远镜做准备。木星与天空中的落日相距90度，因此SOFIA能够在太阳高于地平线的时候安全地观测它。在这次对木星的短暂观察中，望远镜操作员和仪器科学家进行了设置，并在太阳继续落下时进行了校准。就在这个时候，飞机转向并开始使用德国太赫兹频率天文观测接收器(GREAT)仪器收集金星的照片。
这项观察的目的之一是为了解决最近关于金星上的磷化氢的报告。由于其较高的灵敏度，SOFIA和GREAT仪器将能够对金星的磷化氢丰度设定一个严格的上限。应用GREAT同时进行多次观测的能力，金星观测还研究了氯化氢，并对金星大气中的原子氧进行了首次搜索。现在，GREAT已经观测了金星，提出这些观测的科学家团队将开始创造性地减少和分析数据。
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